Entre los fines prioritarios de AFA se hayan el de conseguir la afiliación más amplia posible de autónomos-emprendedores y Pymes bajo sus siglas, además de agrupar en su entorno mediante convenios de colaboración y vinculación, nunca de integración, al mayor número posible de asociaciones gremiales en Castilla y León, las cuales estarán representadas en la organización en sus órganos directivos con voz y voto, bien sea a nivel provincial o regional, a través de consejeros-delegados.
Para conseguir tales objetivos se organizarán foros, seminarios y charlas-coloquio por las principales localidades, comarcas y capitales de provincia de la comunidad, además de fomentar encuentros con todos los organismos competentes relacionados con el colectivo, tanto a nivel municipal, como provincial, regional, estatal o de Unión Europea tomando como reto básico la mejora de la situación laboral, económica y social del autónomo al que representa la asociación y siempre desde el carácter independiente y por tanto sin lazos organizativos con ningún partido político, movimiento sindical o grupos empresariales.

AFA se sustenta a base de las aportaciones provenientes tanto de sus afiliados, como de los acuerdos derivados con asociaciones vinculadas, empresas colaboradoras además de las subvenciones y asignaciones por proyectos concedidas por distintos organismos y administraciones.